En este campeonato no le fue del todo bien, clasificó para pelear un lugar en la final por el ascenso directo a la Primera «A» (ya que quedó entre los primeros 8 en el torneo regular) pero finalizó sexto, aun así, arsenal camiseta negra se clasificó para las eliminatorias por el segundo ascenso. En la temporada 2016/17 de la primera D se consagró campeón del torneo reducido tras vencer en la final al otro equipo de General Rodríguez , Atlas por 5- 0 en el resultado global , la vuelta se jugó en una cancha de Alem desbordada por más de 5000 personas. Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva. Lattek condujo al equipo a conseguir el subcampeonato en la temporada 1969-70, donde Gerd Müller consigue por tercera vez el título de máximo goleador de la liga al anotar 38 tantos. En su primer año como entrenador, Zebec llevó al Bayern a ganar la liga y la copa por primera vez en la historia del club. Los hitos de la primera edad dorada de la historia del club son dos títulos de la Copa de Europa central, que en los años veinte y treinta gozaba del mismo reconocimiento que la posterior Copa de Europa de la UEFA.

Ambos para entonces tenían 18 años de edad. En 1979 asumió Uli Hoeneß el cargo de entrenador a la edad de 27 años y relevó así al consejero de Beckenbauer, Robert Schwan. En 1977 Franz Beckenbauer se fue a América a jugar con el New York Cosmos y en 1979 Sepp Maier y Uli Hoeneß se retiraron, en tanto que Gerd Müller fue fichado por el Fort Lauderdale Strikers de Estados Unidos. Antes del inicio de la nueva temporada el club le daría la oportunidad de debutar a dos jugadores que más tarde determinarían el futuro del Bayern: Uli Hoeneß y Paul Breitner. Fue reemplazado por un entrenador nuevo, Branko Zebec, quien asume el control y reemplaza el estilo ofensivo del Bayern por un estilo más disciplinado, y al hacer eso logró el primer doblete en su historia, usando solo a 13 jugadores a lo largo de la temporada. Destacan en la historia del club los jugadores que más años estuvieron bajo disciplina del club, el extremeño Adelardo Rodríguez, el andaluz Enrique Collar y el madrileño Carlos Aguilera con un total de diecisiete, dieciséis y quince temporadas respectivamente en el primer equipo y Adelardo fue además el jugador que más títulos oficiales logró como jugador del club con un total de diez.

↑ «Alexis Sánchez se convirtió en el jugador con mayor presencias por la Roja». En la primera temporada de Hitzfeld, el Bayern conquistó la Bundesliga y estuvo cerca de conquistar la Liga de Campeones, pero perdieron 1:2 contra el Manchester United en el tiempo extra después de estar ganando en la mayor parte del partido. Anotó el primer tanto del partido y habilitó a Bebeto para el tercer tanto para el marcador final de 3-0. El siguiente partido contra Noruega, disputado en Marsella el 23 de junio se saldó con una derrota para Brasil por marcador de 2-1 cuando en el último minuto Kjetil Rekdal anotó de penal para los noruegos. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis. Chelsea ganó el título de la Second Division en la temporada 1983-84 y logró establecerse en la First Division antes de descender nuevamente en 1988. El club logró ascender un año después con otro título de Second Division para no volver a descender otra vez.

Estás despedido». El nuevo entrenador sería Dettmar Cramer, el cual no lograría salvar la temporada en la Bundesliga, pero conseguiría defender el título como campeones de Europa. Gerd Müller conseguiría de nuevo el premio como máximo goleador, pero esta vez no solo sería el goleador de la copa, sino de toda Europa. La Supercopa de Europa la disputarían ante el Magdeburgo, quien venía de vencer en la final de la Recopa de Europa al Milan, pero el Bayern y el Magdeburgo no pudieron ponerse de acuerdo en la fecha del partido, y terminó por no jugarse. En la final contra el Colonia, Bernd Rupp anotaría el 0:1 para el Colonia, mientras que Franz Beckenbauer empató a los 53′. Franz Roth había sido sustituido al 68′ por Edgar Schneider, camisetas de futbol quien lograría marcar al 118′ para darle el triunfo al Bayern. La temporada 1971-72 fue un año récord para el club ya que se coronaron campeones con 55 puntos y 101 tantos anotados -40 de esos goles fueron anotados por Gerd Müller-.