Valencia en el Calderón, y seguía sin ganar en su estadio. Después de la primera jornada, y con el motivo del descanso de la Liga por jornada de selecciones, el Atlético participó en el Trofeo del Estadio Olímpico de Sevilla. Málaga en La Rosaleda, en la quinta jornada de liga. Además, había algunos equipos con altas aspiraciones: el Betis de Víctor Fernández, comandado por «la quinta de Joaquín», el Atlético de Madrid de Luis Aragonés, que regresaba a Primera con figuras como Fernando Torres y Albertini, el Celta de Lotina, con Mostovi y Catanha como referentes, el Athletic de Heynckes, que había incorporado buenos jugadores jóvenes, la Real Sociedad de Denoueix, con la vuelta de Karpin y la recuperación de Nihat, y el Málaga de Peiró, camisetas personalizadas valencia con su dúo Darío Silva-Dely Valdés. El propio Torres se encargó de tirar el penalti, y lo falló, perdiendo la oportunidad de conseguir la victoria. En el minuto 16, Bermejo falló un penalti, y no fue hasta el 26 que llegó el gol recreativista: Raúl Molina recibió dentro del área y batió a Burgos por bajo. En el minuto 44, Dely Valdés, de penalti, marcó el primer gol malaguista. En el 66, en otro penalti cometido por Esteban, que supuso la expulsión del guardameta, y lanzado también por Dely Valdés, Burgos rechazó el disparo y el balón fue a parar a Fernando Sanz, que marcó.

En el 45, justo antes del descanso, Otero entró por banda derecha y su centro chut sorprendió a Víctor Valdés, y supuso el gol de la igualada en un momento crucial del partido. En el minuto 45, Sergi se comió una internada de Gallardo y le derribó. En el minuto 42, Otero fue expulsado por una dura entrada a José Mari, y en el 85, también lo fue Galán tras derribar a Torres en el área. Y en el 34, Fernando Torres controló con la mano, se internó en el área, cedió atrás a Correa, que centró y Luis García, con la derecha, marcó. Fernando Torres marcó el penalti. Torres, sin embargo, fue expulsado por doble amarilla, ambas por supuestas simulaciones de penalti. Moisés marcó el penalti. Celta en Balaídos. El punto le sirvió para ascender a la duodécima posición, pero los puestos europeos se alejaban a 4 puntos. Con esta derrota, y solo 6 puntos en su casillero, el Atlético caía ya a la undécima posición, a 3 puntos de puestos europeos. El Atlético, con dos puntos en su casillero, descendía al undécimo puesto. River, ya sin la Máquina, y con la dirección de José María Minella, forma otra gran delantera llamada «La Eléctrica» (Reyes, Moreno, Di Stéfano, Labruna y Loustau) y se consagra nuevamente campeón con 48 puntos y 90 goles en 30 partidos.

Los números del equipo en esa campaña fueron muy malos, cosecharon 23 puntos desglosados en 5 triunfos, 8 empates y 17 derrotas en 30 partidos jugados, a pesar de contar con un buen plantel constituido por el portero Ignacio González, Braulio Leal, Juan Abarca, José Pepe Rojas, Gerson Martínez, Boris Sagredo y el delantero paraguayo Mauro Caballero como principales elementos. En el minuto 43, Javi Moreno controló un pase largo de Nagore, avanzó, se deshizo del portero y marcó a placer. Y por último, en el minuto 84, de nuevo Javi Moreno se revolvió en el área y puso el tercero de un potente derechazo. El balón se quedó muerto junto a la línea de meta, y Javi Moreno llegó antes que la defensa para empujarla a gol. En 1895, el club escogió como capitán a Julio Negrón, siendo este el primer futbolista uruguayo del club en ostentar dicha distinción, ya que hasta ese instante solamente jugadores ingleses habían liderado al equipo. El 15 de octubre, saltó de nuevo la polémica en el Club. El exdefensa del Wolverhampton Wanderers, Frank Taylor, se hizo cargo del club buscando obtener el regreso a la Primera División.

En cuartos de final se enfrentaron al Recreativo de Huelva, equipo de Primera División que venía de eliminar al Villanueva, al Almería y al Betis, y que posteriormente alcanzaría la final del torneo, que tuvo como campeón al Mallorca. Con este resultado, el Atlético se clasificaba para los cuartos de final de la competición, en una eliminatoria gris en juego aunque notable en resultados. Con este punto, el Atlético comenzó la liga en novena posición. Por este orden, Cataluña, Comunidad Valenciana y Región de Murcia. Y se descarta una mera coincidencia, siendo prueba evidencial exacta que el mismo fue creado en 1912 con base en el diseño de la camiseta implementada del CURCC. Uniforme titular: Camiseta blanca con detalles verdes, pantalón y medias verdes. Boca e Independiente empataron el segundo lugar en puntos, pero el subcampeonato le correspondió a los xeneizes por diferencia de gol. En el 58 se recuperaron las tablas cuando Movilla sacó un córner, Hibic cabeceó desde el segundo palo y Torres, tras un gran salto, picó a un rincón. En el minuto 54, Albertini profundizó sobre Torres, que se coló entre los centrales y superó a Franco por bajo.