Nell’estate del 1990 è l’imprenditore edile Raffaele Iacuzio, già dirigente della Paganese durante la presidenza De Risi ai tempi della serie C, a farsi avanti affinché il calcio a Pagani non scompaia. La Paganese ritornò in Serie D chiudendo al primo posto il campionato di Eccellenza 1998-1999. Seguirono sei stagioni in serie D sotto la presidenza di Domenico Lombardi 1998-2001, Salvatore Righi 2001-2002, Andrea Torre 2002-2003 e Raffaele Trapani dal 2003. Nella stagione 2005-2006 la squadra ha vinto il Girone H della Serie D, aggiudicandosi dunque il passaggio in Serie C2, con cinque giornate di anticipo. Al campionato di Eccellenza 1997-1998 prende parte solo la Real Paganese (la Paganese del presidente Francione cede il titolo al San Marzano). La prima gara di campionato si disputa in trasferta a Cava de’ Tirreni contro la favorita del girone dove gli azzurrostellati si impongono per 2-1. È l’inizio di un cammino trionfale interrotto solo alla settima giornata in seguito alla sconfitta nel derby con la Nocerina e alla nona (Gelbison, 0-1). Con venti vittorie, sette pareggi e solo tre sconfitte, la Paganese si aggiudica il torneo con quattro gare di anticipo e ritorna nel campionato Interregionale denominato Campionato Nazionale Dilettanti. La Paganese successivamente partecipa alla fase finale che vede impegnate le nove vincenti dei gironi della serie D. Gli azzurro stellati battono nel loro girone il Sorrento a Pagani per 2-1 e pareggiano a Cassino 0-0. In semifinale la Paganese affronta il Varese che viene battuto a Pagani per 2-1 e in Lombardia per 3-1. La finale vede di fronte Paganese e Fortis Spoleto.

Grazie ad una doppietta di Romano, gli azzurri si aggiudicano lo Scudetto Serie D e potranno fregiarsi di portare il tricolore sul petto nella successiva stagione in C2. Il Cagliari, grazie alle vittorie all’Olimpico sulla Lazio per 4-2 e a San Siro sull’Inter per 3-1, dopo quattro giornate è già in testa alla classifica, ma l’infortunio riportato da Riva durante Austria-Italia 1-2 del 31 ottobre 1970 condiziona negativamente la stagione dei campioni d’Italia. Consiglio della Regione Autonoma della Sardegna che crea quattro nuove province nell’isola, le quali divennero poi operative a seguito delle elezioni provinciali dell’8 e 9 maggio 2005. Il 12 ottobre 2005, con Delibera del Consiglio Provinciale n. L’annata 1996-1997 vide la sfida stracittadina tra Paganese e Real Paganese con quest’ultima che arrivò a sfiorare la conquista della Coppa Italia dilettantistica riservata alle squadre della regione Campania. Nel campionato di Eccellenza 1996-1997 la Real contende all’Angri la vittoria di campionato. Tuttavia nel Campionato Nazionale Dilettanti 1993-1994, pur disputando un buon torneo, classificandosi al decimo posto, retrocede in Eccellenza Campania per motivi economici. Il campionato di Eccellenza 1991-1992 per gli azzurri si rivela un campionato entusiasmante. Gli azzurrostellati subiscono solo 4 sconfitte di cui 2 nella fase conclusiva del torneo allorquando la rimonta sul Bari non sembrava più cosa possibile, vincono 14 incontri e ne pareggiano 20. Probabilmente con un attaccante maggiormente prolifico qualche pareggio si sarebbe trasformato in vittoria ma il campionato che la Paganese disputò rimane la massima espressione calcistica che mai Pagani abbia saputo offrire.

2-0. Nelle due gare disputate a Pagani gli azzurrostellati superano il Bangor City per 1-0 ma vengono successivamente battuti dal Nuneaton Town F.C. Al ritorno in C1 il tecnico, Vincenzo Cosco, si dimette dopo tre partite (due sconfitte e uno pareggio). Seconda Divisione 1929-1930 – Girone A. Al termine di 18 combattutissime partite la Paganese si aggiudicò il girone superando squadre del calibro di Reggina, Catania e Cosenza. La squadra si piazzò al quarto posto nel campionato di Terza Divisione 1928-1929, e fu promossa in Seconda Divisione. Gli azzurri si classificano al secondo posto e partecipano ai play-off dell’Eccellenza sfidando ancora la Boys Caivanese. Nella Finale disputata a Portici, viene sconfitta dalla Boys Caivanese. Lo spareggio si disputa sul campo neutro di Benevento, e vide la sconfitta della Paganese dopo i rigori. Disputò altre quattro stagioni in tale categoria fino al 1987, quando la sconfitta col Frosinone all’ultima giornata di campionato sancì la retrocessione in Interregionale per i campani e la contemporanea promozione in Serie C1 degli avversari ciociari.

Andava ancora peggio visitando la maggior parte degli stadi italiani, spesso tristi di una tristezza da balera, in un certo senso agrodolce. Il risultato portò lo scoramento tra i dirigenti azzurri che con un duro comunicato stigmatizzarono il comportamento degli atleti azzurri rei a loro dire di scarso attaccamento ai colori sociali. Gli azzurri fanno il loro debutto a Londra contro il Wealdstone F.C. 22 marzo 1978 e vengono sconfitti per 4-2. Tre giorni dopo gli azzurri si arrendono al Bath City F.C. Un orgoglio a posteriori, ben diverso da quello ciclistico per il quale la lotta era serrata e l’ultimo, la maglia nera, era premio invidiabile, attestato di stima. Dal 1939, nel frattempo, era comparso il numero di maglia sulla schiena dei calciatori: per questo motivo, la striscia nera centrale si era allargata per ospitare nel suo spessore il numero bianco. Dalla stagione 2015-2016 è presente l’attuale stemma, creato dalla nuova dirigenza guidata dal presidente Tommaso Giulini il quale ha previsto un ritorno allo scudo triangolare, con un vistoso ingrandimento dei quattro mori, che per la prima volta sono l’elemento portante dello stemma, mentre la partizione rossoblù è limitata al contorno dello scudo.